Karakterisering av de molekylære markørene BRAF V600E og miRNA let-7a i KAM-studien
Original version
Stenstad, C. Karakterisering av de molekylære markørene BRAF V600E og miRNA let-7a i KAM-studien. Master thesis, Telemark University College, 2011Abstract
SAMMENDRAG: BRAF er et proto-onkogen som koder for BRAF proteinet. Proteinet er viktig i RAS/RAF/MAPKsignalveien, og regulerer cellevekst, celledeling og apoptose. BRAF V600E er en kjent somatisk mutasjon i kolorektal cancer. I denne studien ble frekvensen av BRAF V600E mutasjon i tumorvev fra pasienter i Kolorektal Arv og Miljø (KAM)-studien undersøkt. Det ble også sett på om det var en sammenheng mellom mutasjonsfrekvensen og faktorene alder, kjønn og røykestatus. miRNA er små enkeltrådete ikke-kodende RNA-molekyler som er viktige i genregulering. Forandringer i genekspresjonen til miRNA har blitt observert i mange ulike krefttyper inkludert kolorektal cancer. Det ble utført genekspresjonssanalyse av miRNA let-7a for å undersøke om det var forskjell i genekspresjonen mellom normal- og tumorvev fra kolorektal cancer pasienter. Studiepopulasjonen består av 139 pasienter fra KAM-studien. Vevsprøver fra normal- og tumorvev ble snittet på frysemikrotom før isolering av DNA og RNA. Real-time PCR ble brukt for å detektere BRAF V600E mutasjon. miRNA let-7a ble detektert ved revers transkriptase PCR og real-time PCR. Statistiske analyse av data fra begge undersøkelsene ble utført tilslutt. Resultatene fra studien viser en høyere frekvens av mutert BRAF V600E sammenlignet med andre studier. Sannsynligheten er høyere for å ha mutasjonen om man er kvinne. Forholdet mellom alder, røykestatus og mutert BRAF V600E viser ingen signifikant forskjell. Genekspresjonsanalysen av miRNA let-7a viser ingen signifikant forskjell mellom normal- og tumorvev. IV. ABSTRACT: Abstract BRAF is a proto-oncogene encoding the BRAF protein. This protein is an important protein in the RAS/RAF/MAPK-signaling pathway and regulates cell growth, cell division and apoptosis. BRAF V600E is a known somatic mutation in colorectal cancer. The frequency of BRAF V600E mutation was examined in tumor tissue from patients in the Kolorektal Arv og Miljø (KAM)-study. The correlation between the frequency of BRAF V600E mutation and the factors; age, gender and cigarette smoking was also investigated. miRNAs are small singel-stranded non-coding RNA molecules that are important in gene regulation. Changes in the expression profile of miRNA have been observed in many different tumor types, including colorectal cancer. It was performed a genexpression analysis of miRNA let-7a to investigate whether there are differences in gene expression levels between normal- and tumor tissues from colorectal cancer patients. The study population consists of 139 patients from the KAM-study. Samples from normal- and tumor tissues were cut on a microtome followed by isolation of DNA and RNA. Real-time PCR analysis was used to detect the BRAF V600E mutation. miRNA let-7a was detected by reverse transcriptase PCR and real-time PCR. Statistical analysis of the data was conducted. The study shows a higher frequency of mutated BRAF V600E compared with other studies. The probability of getting the mutation is higher for females. The relationship between age, smoking status and mutated BRAF V600E shows no significant correlation in this study. The gene expression level of miRNA let-7a shows no significant correlation between normal- and tumor tissues.