| dc.description.abstract | SAMMENDRAG: Termotolerante Campylobacter er en viktig næringsmiddelbåren patogen bakterie og regnes i dag blant de viktigste årsakene til bakterielt betinget diaré hos mennesker verden over. Bakterien er vanlig i tarmen hos en lang rekke pattedyr og fugler, og kan overleve flere dager i vann og jord, men kan ikke formere seg der. Hensikten med denne oppgaven er å belyse forekomsten av Campylobacter som miljøbakterie i vann, fjørfe og gris, og å vurdere isolater/ stammer fra ulike kilder, og se på genetisk diversitet innen miljø og mellom kildene. For identifisering og karakterisering av Campylobacter jejuni, Campylobacter coli og Campylobacter lari er fire metoder brukt. 1) Filtrering og utstryk på selektiv agar med kontroll av typiske kolonier ved hjelp av fase-kontrast mikroskop, 2) Biotyping ved hippurathydrolyse og nalidixinsyretest, 3) Multipleks PCR for arts identifisering, 4) Ribotyping med RiboPrinter® Microbial Characterization System for tester på genetisk likhet. I 125 prøver fra vann, som er hentet fra to lokaliteter langs Bøelva; Oterholt og Storkaasa, er 45 stammer isolert. Av disse er 37,8 % identifisert som C. jejuni, 4,4 % som C. coli, 11,1 % som C. lari og 46,7 % som Campylobacter spp. Totalt er 10 bakterieisolater fra vann DuPont ID identifisert av riboprinteren. Bakteriene blir DuPont identifisert når båndmønsteret fra vår prøve og båndmønsteret i DuPont Identifikasjons bibliotek i RiboPrinter har en likhet >0,86. Dendrogrammet av de 45 isolatene fra vann inndeles i 2 hovedgrupper. Disse kan inndeles i 5 undergrupper. Fem av de 17 C. jejuni isolatene er identifisert med DuPont ID: DUP_PST1-1130, DUP_PST1-1122, DUP_PST1-2073, DUP_PST1-2000 og DUP_PST1-2058. Fire av de fem C. lari isolatene er DUP identifisert av riboprinteren som: DUP_PST1-1166 (n=2), DUP_PST1-1178 og DUP_PST1-1179. En av C. spp. er identifisert av riboprinteren som C. hyointestinalis: DUP_PST1-1170. Den store genetiske diversiteten kan skrive seg fra kontinuerlig tilførsel av Campylobacter til elven fra ville fugler og tilsig av forurenset avrenning fra områder rundt elven. I 113 prøver fra kylling og and er 46 stammer isolert. Av disse er 73,9 % identifisert som C. jejuni, 17,4 % som C. coli og 8,7 % som C. lari. Av disse er 26 DuPont ID identifisert av riboprinteren. Dendrogrammet viser at isolatene inndeles i to hovedgrupper som igjen kan inndeles i fem undergrupper. De tre ulike artene grupperer seg i egne undergrupper. Dendrogrammet viser at isolatene i to undergrupper samler isolater fra kylling. En undergruppe samler isolater fra and, mens to undergrupper har isolater fra kylling og and. Av 35 C. jejuni isolater er 13 identifisert med DuPont ID; DUP_PST1-2050 (n=2), DUP_PST1-1146, DUP_PST1-2061 (n=5), DUP_PST1-1131 (n=4) og DUP_PST1-2086. Alle C. lari isolater er identifisert med: DUP_PST1-1166 (n=4) og DUP_PST1-1181. Alle åtte C. coli er gitt en DUP-ID, seks av disse er samlet i en hovedgruppe i dendrogrammet. DUP_PST1-1211 (n=6) og DUP_PST1-1140 (n=2). Klusteranalysen viser stor genetisk variasjon blant isolatene fra kylling og and. I 100 prøver fra slaktegris er Campylobacter isolert i 88, hvorav C. coli representerte 97,7 %, C. jejuni 1,1 % og 1,1 % C. lari. Av 81 isolater testet på riboprinter er 19 C. coli identifisert med DuPont ID. DUP_PST1-1182 (n=6), DUP_PST1-1208 (n=10), DUP_PST1- 1175, DUP_PST1-1163 og DUP_PST1-1140. Dendrogrammet viser at isolatene inndeles i to hovedgrupper. Hovedgruppene deler seg igjen inn i 5 undergrupper. Dendrogrammet viser at isolatene i en av undergruppene samler 15 isolater fra en besetning. De andre undergruppene samler isolater fra flere besetninger. Klusteranalysen viser stor genetisk variasjon blant isolatene fra slaktegris, både innen besetningen og mellom besetninger. ENGLISH SUMMARY: Campylobacter is recognized as a leading human food-borne pathogen and the bacteria is normally found in cattle, swine and birds. The bacteria can survive in water and mud but not multiply here. The aim of this study was to examine the occurrence of Campylobacter as environmental bacteria, to evaluate isolates and groups or categories from various sources, and to study genetic diversity within the environment and amongst those sources. Four methods have been used to identify and characterize C. jejuni, C. coli and C. lari: 1) filtration and streak culture on selective agar, with the control of typical colonies by using phase contrast microscope; 2) biotyping by hippurate hydrolysis and nalidixic acid test; 3) multiplex PCR for species identification and 4) ribotyping using RiboPrinter® Microbial Characterization System for testing of genetic similarities. Forty-five strains were isolated from 125 water samples collected from two localities along the Bø River of which 17 (37.8 %) were C. jejuni, 2 (4.4 %) C. Coli, 5 (11.1 %) C. lari and 21 (46.7 %) C. spp. A total of 10 DuPont ID were identified by the riboprinter. The bacteria is given a DupPont identification when the pattern from the sample and the pattern in DuPont Identificasjons library match with similarity > 0,86. The dendrogram of the 45 isolates was classified into two main categories, which in turn were divided into five subgroups. Five of the 17 C. jejuni isolates were identified with the following DuPont ID: DUP_PST1-1130 (n=1), DUP_PST1-1122 (n=1), DUP_PST1-2073 (n=1), DUP_PST1-2000 (n=1) and DUP_PST1-2058 (n=1). Four of the five C. lari isolated were DUP identified by the riboprinter as: DUP_PST1-1166 (n=2), DUP_PST1-1178 (n=1) and DUP_PST1-1179 (n=1). One of the C. spp. was identified by the riboprinter as C. hyointestinalis: DUP_PST1- 1170. The large genetic diversity observed could be the result of a flow of Campylobacter from wild birds or local sources of pollution near the river. A total of 46 strains were isolated from 113 fecal swabs of chicken and ducks. Thirtyfour of these (73.9%) were identified as C. jejuni, 8 (17.4 %) as C. coli, and 4 (8.7 %) as C. lari. Twenty-six of these were DuPont ID identified by riboprinter. The dendrogram shows that the isolate divides into two main groups and five subgroups. The isolates of two of the subgroups originate from chicken, one from duck and two from both. Thirteen of the 35 C. jejuni isolates were identified with DuPont ID: DUP_PST1-2050 (n=2), DUP_PST1-1146 (n=1), DUP_PST1-2061 (n=5), DUP_PST1-1131 (n=4) and DUP_PST1-2086 (n=1). All of the C. lari isolates were identified as: DUP_PST1-1166 (n=4) and DUP_PST1-1181 (n=1). All of the eight C. coli were given a DUP-ID, and six of these gathered in a main category in the dendrogram, DUP_PST1-1211 (n=6) and DUP_PST1-1140 (n=2). The cluster analysis showed large genetic variety among the isolates from chicken and duck. Campylobacter were isolated in 88 of 100 pig fecal swabs of which C. coli was found in 86 (97.7 %), and C. jejuni and C. lari in 1 each (1.1 %). Of 81 isolates tested on the riboprinter, 19 C. coli were identified with DuPont ID. DUP_PST1-1182 (n=6), DUP_PST1- 1208 (n=10), DUP_PST1-1175 (n=1), DUP_PST1-1163 (n=1) and DUP_PST1-1140 (n=1). The dendrogram shows that the isolates divide into two main categories which further divide into five subgroups. The dendrogram shows that the isolates of one of the subgroups are a collection of 15 isolates from one strain. The other subgroups were collections of isolates from several strains. The cluster analysis showed large genetic variety among the isolates from pigs, both within and between strains. | |
